瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂糖作為介質的一種電泳方法，其兼具“分子篩”和“電泳的雙重作用。

瓊脂糖(Agarose)是一種線性多糖聚合物，是從紅色海藻產(chǎn)物瓊脂中提取而來的，當瓊脂糖溶液加熱到沸點后冷卻凝固便會形成良好的電泳介質，其密度是由瓊脂糖的濃度決定的。

經(jīng)過化學修飾的低熔點的瓊脂糖，在結構上比較脆弱，因此在較低的溫度下便會熔化，可用于核酸片段的電泳檢測。

瓊脂糖凝膠電泳檢測的主要是核酸的完整性和大小，只要核酸不是太小或者太大(超出電泳分離范圍)，該方法的可信度非常高。

核酸會根據(jù)pH不同帶有不同電荷，在電場中受力大小不同，因此跑的速度不同，瓊脂糖凝膠電泳即根據(jù)這個原理對核酸進行區(qū)分。

核酸分子在pH高于其等電點的溶液中帶負電荷，在電場中向正極移動。由于核酸的戊糖-磷酸骨架在結構上具有重復性，長度相同的核酸鏈幾乎具有等量的凈電荷，因此它們能以同樣的速率向正極方向移動。

此外，含有瓊脂糖的凝膠具有網(wǎng)狀結構，物質分子通過時會受到阻力，大分子物質在涌動時受到的阻力大，因此在瓊脂糖凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質和數(shù)量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。

在同樣電場的強度下，核酸分子的遷移速度取決于核酸分子本身的大小和構型以及瓊脂糖凝膠的濃度，簡而言之，分子量較大的核酸遷移速度較慢，分子量較小的核酸遷移速度較快，這就是應用凝膠電泳技術分離核酸片段的基本原理。

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