使用微波爐對飯菜進行加熱解凍，用微波爐煮菜蒸飯，用微波爐烤魚魚，用微波爐烤蝦，用微波爐制作甜點，用微波爐做爆米花，相信很多人都會，但微波爐的另外一個功能，微波殺菌卻很少被人所利用，這里通過一個應用實例來說明微波爐巧用為食品殺菌設備。
微波爐是利用電磁場能微波對物料的作用對物體進行加熱、干燥、殺菌。微波加熱是極高頻率的電磁振蕩作用于具有電極性的物料分子，使其分子排列趨向劇烈變化，而產生激烈的類似于“摩擦”的效果。使物體變熱。此過程即微波的電磁場能量轉化為熱能。水分子是極性分子，強烈吸收微波。含有水分的物料在受到足夠的微波輻射時，其中的水分子吸收微波很快的升溫。
微波殺菌是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變性，是細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡；生物效應是微波電磁場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細胞因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細胞正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲形大分子。足夠強的微波場可以導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變，甚至斷裂。微波滅菌正是利用了電磁場的熱效應和生物效應對生物的破壞作用，因此，微波殺菌溫度低于常規方法，僅要70-105℃，時間僅約需3-5分鐘。
這里所說的巧用微波爐作為微波殺菌設備是采用經常用來清理廚房衛生的抹布，有人做過試驗檢其菌落總數達到500萬，放進微波爐殺菌５分鐘后菌落總數變為零，殺菌效果相當了得。